Em 1898 foi eleito presidente da república, substituindo Prudente de Morais em uma época que a economia brasileira, baseada na exportação de café e borracha, não ia bem. Julgava que todos os problemas do Brasil tinham uma única causa: a desvalorização da moeda.

Desenvolveu a chamada política dos governadores, através da qual afastou os militares da política e estabeleceu a República Oligárquica, através da qual tentou obter o apoio do Congresso através de relações de clientelismo e favorecimento político entre o governo central, representado por si próprio enquanto presidente, estados, representados pelos respectivos governadores, e municípios, representados pelos coronéis. Era preservada a autonomia e independência dos governos municipais e estaduais desde que estes apoiassem a política do governo federal.

O quarto presidente do Brasil, Campos Sales, numa nota de 10 mil réis de 1925.

Na economia, Campos Sales decidiu que a resolução do problema da dívida externa era o primeiro passo a ser tomado. Em Londres, o presidente e os ingleses estabeleceram um acordo, conhecido como "funding loan". Com esse acordo, suspendeu-se por 3 anos o pagamento dos juros da dívida; suspendeu-se por 13 anos o pagamento da dívida externa existente; o valor dos juros e das prestações não pagas se somariam à existente; a dívida começaria a ser paga em 1911, com o prazo de 63 anos com juros de 5% ao ano; as rendas da alfândega do Rio de Janeiro e Santos ficariam hipotecadas aos banqueiros ingleses, como garantia.

Então, livre do pagamento das prestações, Campos Sales pôde levar adiante a sua política de "saneamento" econômico. Combateu a inflação, não emitindo mais dinheiro e retirando uma parte de circulação. Depois combateu os déficits orçamentários, reduzindo a despesa e aumentando a receita. Joaquim Murtinho, Ministro da Fazenda, cortou o orçamento do Governo Federal, elevou todos os impostos existentes e criou outros.

Finalmente, dedicou-se à valorização da moeda, elevando o câmbio de uma taxa de 48 mil-réis por libra para 14 mil-réis por libra. Sua política foi acusada de extremamente recessiva, para usarmos um termo atual.

Recebeu a alcunha de Campos Selos, por causa do imposto do selo, sendo vaiado ao deixar a presidência por causa de sua política de ajuste financeiro mal compreendida pela população.

Após a presidência

Após o mandato presidencial, foi senador por São Paulo e diplomata na Argentina. Durante as articulações (demarches) para a eleição presidencial de 1914 seu nome chegou a ser lembrado para a presidência, mas faleceu repentinamente em 1913, quando passava por dificuldades financeiras.

Ministério de Campos Sales

Campos Sales

Ministros 

• Ministério da Justiça e Negócios Interiores: Epitácio da Silva Pessoa (15 de novembro de 1898 ? 6 de agosto de 1901), Sabino Alves Barroso Júnior (6 de agosto de 1901 ? 15 de novembro de 1902)
• Ministério da Marinha: Carlos Baltasar da Silveira, Almirante (15 de novembro de 1898 ? 9 de agosto de 1899), José Pinto da Luz, Contra-Almirante (19 de agosto de 1899 ? 15 de novembro de 1902)
• Ministério da Guerra: João Nepomuceno de Medeiros Mallet (15 de novembro de 1898 ? 5 de novembro de 1902), João Tomás de Cantuária
• Ministério das Relações Exteriores: Olinto de Magalhães (15 de novembro de 1898 ? 15 de novembro de 1902), Joaquim Tomás do Amaral (Visconde de Cabo Frio) (interino)
• Ministério da Fazenda: Joaquim Duarte Murtinho (15 de novembro de 1898 ?2 de setembro de 1902), Sabino Alves Barroso Júnior (2 de setembro de 1902 ? 15 de novembro de 1902)
• Ministério da Indústria, Viação e Obras Públicas: Severino dos Santos Vieira (15 de novembro de 1898 ? 27 de janeiro de 1900), Alfredo Eugênio de Almeida Maia (27 de janeiro de 1900 ? 8 de março de 1902), Epitácio da Silva Pessoa (interino), Antônio Augusto da Silva (8 de março de 1902 ? 15 de novembro de 1902).